Подобно другим играм серии, Silent Hill 3 использует тематику мистического хоррора и характерные для фильмов ужасов приемы его подачи, повествуя о людях, «проваливающихся» в наполненный кошмарами потусторонний мир. Главной героиней игры является молодая девушка по имени Хизер, сталкивающаяся с погружением в мир собственных страхов как в своем родном городе, так и в таинственном городке Сайлент-Хилл, куда Хизер отправляется в поисках разгадки происходящих с ней событий.

Игра была высоко оценена критикой, отметившей как исключительно высокий уровень графического и звукового оформления, так и удачное использование общих для фильмов и литературы ужасов элементов и собственной традиционной тематики серии.

Сюжет

Пролог игры представляет собой страшный сон главной героини Хизер, где она бродит по заброшенному, темному и населенному чудовищами парку развлечений, пытается спуститься по рельсам «американских горок» и мнимо погибает под колесами спускающейся вагонетки — в этот момент Хизер просыпается. Она находится в большом торговом центре уже перед самым закрытием.

Хизер намеревается отправиться домой. С ней пытается заговорить пожилой человек, представляющийся детективом Дугласом Картлендом, но Хизер сбегает от него и бродит по пустому торговому центру, постепенно погружающемуся в кошмарный потусторонний мир. Здесь, помимо чудовищ, загадок и следов насилия, Хизер встречает безумную женщину по имени Клаудия. Когда Хизер удается все-таки выбраться из кошмара в реальный мир, она оказывается у входа в торговый центр, где снова встречает Дугласа, и спускается в метро, где снова сталкивается с погружением в кошмар. На пути домой, пропутешествовав через темные потусторонние станции и туннели метро, канализацию и офисные здания, Хизер встречает ещё одного странного человека — некоего Винсента, постоянно обитающего в мире кошмаров и не испытывающего никаких неудобств. Наконец, Хизер удается выбраться в реальный мир и добраться до дома, где она обнаруживает своего отца убитым и сражается с его убийцей, похожим на человека монстром, действовавшим по приказу главы сатанинского культа Клаудии.

После смерти отца Хизер принимает помощь детектива Картленда и вместе с ним на автомобиле отправляется в город Сайлент-Хилл. Выясняется, что её отец - писатель Гарри Мэйсон, главный герой первой части серии, а сама Хизер - девочка Шерил из первой части, взявшая себе другое имя, чтобы порвать с прошлым. Теперь роль «божьей матери» перешла к Хизер.
Хизер в альтернативном мире сражается со своей "тёмной стороной" Алессой

Сайлент-Хилл заброшен. Хизер посещает сайлентхилльскую психиатрическую больницу Брукхэвен, где по телефону беседует с Леонардом Вульфом. Вульф оказывается отцом Клаудии и членом культа, неожиданно соглашающимся помочь ей, подарив могущественный артефакт под названием «Печать Метатрона», который он охраняет. Однако при личной встрече Хизер обнаруживает, что Леонард превратился в страшное чудовище, и убивает его.

Вернувшись с Печатью в мотель, Хизер застает там Винсента, который направляет её через парк развлечений, уже фигурировавший в снах Хизер, в церковь — центр пресловутого сатанинского культа, возглавляемого Клаудией. В ходе конфликта между Клаудией и Винсентом Клаудия убивает бывшего соратника, заколов его кинжалом. Хизер становится плохо, поскольку и правда обитающий внутри неё «Бог» пытается появиться на свет. Хизер вынуждена сразиться с чудовищным «Богом» и убить его.

Персонажи

Хизер Мэйсон
Главное действующее лицо. Хизер - приёмная дочь писателя Гарри Мэйсона, которому удалось 17 лет назад сбежать из города Silent Hill.

Дуглас Картланд
Странный пожилой мужчина, представившийся частным детективом. Раннее работал в полиции, уволился за десять лет до событий игры. Его сын был убит на месте преступления при попытке ограбления банка.

Клаудия Вульф
Женщина двадцати девяти лет. Является главой умирающего культа "Солнечного Ореола". Имела очень тяжелое детство. Выглядит старше своего возраста. Всегда ходит босиком, говорит загадками.

Винсент
Молодой человек, двадцати четырёх лет. Жрец культа.

Вальтиель
Монстр, "служитель" культа, постоянно следит за главной героиней в альтернативных мирах.

У игры, как и предыдущих игр серии, несколько возможных концовок, выбор между которыми зависит от действий игрока.
«Normal» — единственно доступная при первом прохождении игры — Хизер и Дуглас благополучно покидают Сайлент-Хилл, возвращаясь к нормальной жизни. В титрах, Хезер стоит у могилы отца.
«Одержимая» - Дуглас погибает от рук одержимой не рожденным богом Хизер. Её лицо не показывается, в титрах чёрный экран.
«Месть» - шуточная концовка с участием инопланетян.